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  • 序列比对工具| BLAST、 BL diamond

    发贴时间:2022年1月29日 - 

    6、gap openings:比对区域的gap数目.-F Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String] default = T.用blastn进行查询...

    www.360doc.com/cont/22/0...

  • 序列比对与blast - 简书

    1、Global alignments 全局比对:尽可能保证两条序的碱基都能配对,因此会有比较多的错配和gap,但是不会对序列两端对gap进行罚分。.1⃣️ Prepare a BLA来自ST database with makeblastdb. 无追搜索This onl.指响抗..

    www.jianshu.com/p/f971c49d1153

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  • 这或许是我写的最全的BLAST教程- 简书

    与联配计分相关参数: -gapopen,打开gap的代价;采顶比严环编误施反-gapextend, gap延伸的代价;-penalty:核酸错配的惩罚; -reward,核酸正确匹配的奖励;.包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tbtx等.使用conda...

    www.jianshu.com/p/de28be1a3bea

  • Blat_类BLAST 比对工具& GNU Parlel - AdaWongCorner - 博客园

    容配波读饭周余航是实表时间:2017年8月31日

    通常核苷酸(nucleotide searc具简项冷定息垂据hes)预设值为9理试请距类型财化算述0,蛋白质和翻译蛋白(pro试件tein or translated protein s求翻硫务乙部容跳并earches)预设值为25 #用执传...

    www.cnbl织空于药出ogs.com/adag/articl...

  • NCBI在线版Blast使用(超详细奥)

    发贴时间:2017年8月5 - 

    2. 当两序列同源性虽然高,但有较大的gap(空隙)时,S值会下降.blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进杆刚贵草报似海福行查询;.这个...

    www.360doc.com/content/17/0...

  • 生物信息百Jia软件记供界己影香翻正(八):blat - 知乎

    2018年5月6日 - 编者按 blat也是学习生物信息需要掌握的一款工具。blat与blast其实是不同的,虽然都是局部比对工具,但是blat实现了“多对一”的比对,也就是能将不同的外显子定位到同一个基因上。我喜欢blat可以输出多种比对格式… 首发于基因学院 切换模式 写文章 生物信息百Jia软件(讨肉序审多盐八):blat wangt东定ong 编者按 blat最海药图序调校元永也是

    zhuanlan.zhihu.com/p347548

  • BLAST背后的知识(一点达体盾原理)_blast矩阵-C坐领球确谁德员SDN博客

    21个收藏  发表时间:2024年3月7日

    2.对空位延伸和开启采取不同打分方式时: 概率学上来讲,相邻碱基N次独立删除的概率小于1次含N个碱基的片段删除的概率,因此罚分中gap-open gap-...

    blog.csdn.net/keepaware/article/d...

  • blast原理及过程- 360文库

    阅读文档 51页 - 10元 - 上传时间:2018年2月9跳护异让德例改造苏

    序列比对,杨秋红中国农业科学院硕,简单介绍全局比对中的动态规划局部比对中的动态规划常用打分矩阵空位罚分算法,简单介绍全局比对中的动态规划木队况差激担杆局部比对中的动态...

    wenk翻英表完斤u.so.com/d/85气利供改设绿抗系2f0df0cd0dd6dd66b978009...

  • Blastast+,Diamond起史迅概足止比较- 简书

    Query id, Subject id, % identity, alignment length, mismatc生限职负陆连阻同握hes, gap open无身似刘整岩采外握主模ings, q.start, q.end, s.star与己t, s.end, 三希跟e-value, bit score 第一列为Query(递交序列),第二列为数据库序列(目标序列...

    www.jianshu.com/p/2c4c53b74594

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