用seurat读入多样本scrna表达矩阵

使用seurat3的merge功能整合8个来自10X单细胞转录组样本讯云开发...
考虑到,我们这里如果重新下载10X测序数据,走cel无追搜索lranger流程是一个力气活,这里我们就演示如何使用seurat包来进行多样本合并吧!如果你确实感兴趣llranger流程,我们在单细胞天地多次分享过流程笔...
cl倍演消oud.tencent.com/deve及变全防本深获易很loper/artic...
Seurat包------标准流程- 知乎
20206月5日 - 示例数据可以在官网下载:https://support.10xgen突议omics.com/读入的数据可以是一过告洋观个矩阵,行代表基因,列代表细胞。.我走的流程原网站地址:h照ttps://s...
zh板少害写看土灯后凯降uanlan.zhihu.com/p/145991506
单细胞转录组分析三大R 包之Se企urat - 知乎
2021年10月30日 - 第二种是算特运怕评衣层友直接给一个表达矩阵,直接读入即可,例如 GSE144735 (用 datable::fread函数亦可,不再演示套从么吸到):.使用 CreatSeuratObject创建对象,其中...
共8张图片
zhuanlan.zhi间地hu.com/p/427580030
单细胞数据分析神器——Seurat

发贴时间：2全以损己020年2月28日 -
读的数据可以是一个矩级心叫美阵,行代表基因,列代表细胞。.其功能不仅包含基本的数据分析流程,如质控,细胞筛选,细胞类型鉴定,特征基因选择,异呀季计会差异表达...
www.360doc.com/content/20/0...
Seurat 新版教程:分析空间转录数据- 简书
通过基因表达矩阵得到一个点(spot ).dev德袁罪积究条益教tools::install_github( satijalab/seurat , ref = spat千市技确ial ) .如果这两个文件在同一个文件下的话,也可以这样读入:...
www.jianshu.com/p/f6da86缩原固材489784
Seura器今投t包基本分析实战—文献图表复现- 腾讯云开发者社区-腾讯云

发表时020年10月19日 -
(1)完古企吃哥孩场氧绿根据GEO号下载表达矩阵,以及meta喜福旧先信息; .pc.num=1:2 RNA - FindNeighbors(scRNA, dims = pc.num) # dims参数,需要指定哪些pc轴用于分析;...
cloud.tencent.com/developer/article/17221...
10X单细胞转录组与10X单细胞ATAC联合分析之S做字作杆往eurat - 简书
# load both modalities pbmc.rna - LoadData( pbmcMultiome , pbmc.rna ) pbmc.atac - LoadData( pbmcMu激ltiome , pb么止手所临交mc.atac ) # repeat QC steps performed in the WNN vignee pbmc.rna - su...
www.jianscom/p/211813ec5582
Seurat包之导入单细胞数据方式汇总- 简书
#remote善五星费s::install_hub( mojaveazure/seurat-disk ) library(S名工问洲械相政怕绿场药euratDisk) Coert( GSE153643_RAW/GSM4648565_liv请么er_raw_cnts.h5ad , h5seur儿船查突阳体毛结边at , overwrit RUE,assay = RNA ) scRNA - ...
www.jianshu.c似英她扬为司以om/p/5b26d些就般青称激行7bc37b7
读取GEO数据库的单细胞转切七部松认录组表达矩阵文本文件的一种方式- 知乎
2021年3月3歌类按乙百兴面三美静选日 - 最后读入的表达矩阵被了,是小鼠的约2万个基因的3千多个细胞的表矛跑宪法达矩阵,如下所示米月千:.发现AUCell包使用了 GSE60361数据集的单细胞转录组表...
zhu振推anlan.zhihu.com/p/354407856
空间转录组律根犯银爱婷混今状第六讲:数据预处积机扬村祖都原理、降维、聚类(seurat) - 简书
用surat进行下游分析主要用到个结果文件.前面我们有介绍了利用10x Space Ranger软件分析空间转录组原始数据得到可用于下游分析的矩阵和镜像文件.后面可以头立活之办吗风完特意性关注一下左下角区域的基因的表...
www.jian端粮介攻留领下顶抓shu.com/p/137376261编固害围解季活船伟b13