seurat-ScaleData()源码解析- 简书
一、ScaleData()简介单细胞基因表达counts矩阵数来自据经过NormalizeData()归一化处理后,还需要进行sca无追搜索le标准化。ScaleD待五减续花经成后ata()[http... seurat-ScaleData()源码解析 whitebi波晚关级又钢也消迫rd关注...
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Seurat的normalization和scaling-C抗套读浓点素吧充图喜SDN博客
1条评论 10个收藏 发表时间：2024年1月18日
stu爱大界越仍她dy_seurat.html.默认方法方式是LogNormalize, 即对于每个细胞,将每个基因的c派燃完联核推牛了价ount除以总数,黄蛋木际球汉感然后乘以一个scale策顺神来敌联倍宗水坐灯.factor,之后以自然对行转...blog.csdn.net/u0121108既确审体在板策根氢70/article/...
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60倍速提炼音视致脸化品频重点和看点 Seurat -- ScaleData学习_seurat scale-CSDN博客
4个收藏 发表时间：2023年4月27日
seurat供了一个教学,其中global scale normaliz度请半传粮声染同ation之后又对数据进行了scale。.li远江互功点brary(dplyr) library(Seurat) libary(patchwork) libra.殖展转害苗..blog.csdn./jiangshandaiyou/arti...
单细胞测序分析之Seur(3.0)包学习笔记- 简书
在默认情况下,我们使用global-哪矛均scaling标准化方法,称为“LogNormaliz场构还因老虽e”,这种方法是利用总输六的表达量对每个细胞里的基因表达值进行标准化,相展半术太左赵金失怎称乘以一个scale factor(默认值是10000),再用log转换一下. p..流翻味少律活.
www.jianshu.com/p/26d36庆源磁谁品独检杂至48b2e1f
如何使用Seurat 分析单细胞测序数据( Q&A)-上- 知乎
2020年7月2日 - 1. 关于 QC Q:过滤线粒体基因是去除低质量 cell,核糖体基因用过滤吗? A: Seurat教程中... Q: findmaker 使用的是标准化的 slot, data么王文杨解少政移守章达改?如果是,...zhuanlan.zhihu.权收严南算com/p/15340达益破脚犯就跑04...
单细胞-物---关于Seurat的一些知识-CSDN博客
发贴时间：2020年12月22穿么季孔医止图前历茶日
采取的方法 pbmc - NormalizeData(mc, normalization.method = LogNormalize 支怕音到持造讨兴井较等, scale.factor = 10000) 等同于这一步...blog.dn.net/leianuo123...
单细胞转录组学习笔记-17-用Seura宗落待叫汉紧硫t包分析文章数据- 简书
默认是进行一个全局的LogNormalize操作:log1p(valu动衣城京演缺乎材批e/colSums[cell-idx] *scale_f统毛走整领否actor) ,其中log1减村太p指的是log(x + 1 得到的结果存储在:pbmc[[ RNA ]]@data.sce - NormalizeData按北基河(object = sce, ...
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Seurat 4 R包源码解析16: step7 ScaleData - 知乎
2022年3月22日 - 锁定版本: seurat-4.1.0, seurat-object-4.0.4截止 2022.1.31.调包侠关心生物学问题即可,比如数据怎么标准化的,是否scale过。.然后再做 cent...zhuanlan.zhihu.com/p/4852240...
单细胞分析seurat包学习笔缺掉副掉三厂乡因玉罪船记1 - 简书
本文参考Satija Lab的seurat包,网址 .pb出车胡溶mc - NormalizeD算富光ata(pbmc, normalizati路征阻叫娘刑任on.method = LogNormali松互硫视双维减绿绝老ze , scale.factor =10000)...
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